監督寺廟條例，只規範佛、道兩教又介入宗教團體財務自主權，有違宗教平等及侵害信教自由，業經大法官於九十三年宣告部分條文違憲並於二年後失效，迄今十餘年未完成修法或立法，行政院及立法院都難辭其咎。一部制定於民國十八年內容只有十三條的條例，近九十年從未修改，可說是我國立法史的奇蹟。日本一九五一年即制定宗教法人法平等規範全部宗教團體，且高度尊重宗教團體的自治自律；美國也有將近五十個州有制定宗教法人法律。
民主憲政國家都體認到宗教自由的重要性。基於政教分離、聖俗分離及國家對宗教的中立性等原則，並顧及宗教團體的特例性，其中以民主與公開並不適合宗教團體為重要，而這也是內政部明白宣示的原則。所以，民法規範的公益社團或財團法人相關規定，大部分都不能適用於宗教團體。因此，才必須另定特別法並且只針對宗教團體的世俗面事項加以規範。但應先了解宗教團體的特殊性，否則會過度干涉宗教自由。簡要說明如下：
一、神聖性與世俗性兼備，宗教團體除從事宗教事業的本業之外，尚可從事公益事業、營利事業。而且憲法上有宗教自由、政教分離原則、聖俗分離原則。因此，國家不介入宗教事項，不可立法限制，亦不得為審判對象（例如：教義、聖物、住持身分）。草案第一條有違反政教分離之嫌。目前宗教行政實務，由政府訂定認定信徒資格及強制寺廟不是採取執事制就是信徒大會制，違反監督寺廟條例採住持制的立法原意，違法且違憲。
二、宗教團體結社自由緣自宗教自由，非來自結社自由，釋字五七三確認宗教團體具有人事、組織及財政自治權。
三、限制宗教自由，德、美、日均是憲法保留；故宗教結社自由之保障優於其他基本人權及結社。有關宗教團體的法制，不可比照公益團體（財團法人法或人民團體法）或營利團體（公司法）。草案第十七條明顯違反此原則。
四、再從集遊法第八條：室外集會、遊行，應向主管機關申請許可。但宗教、民俗…不在此限。
五、公益勸募條例第三條：…其他法律另有規定者，從其規定：宗教團體、寺廟、教堂或個人，基於募集宗教活動經費之目的，募集財物或接受捐贈之行為。日本早期由縣市自治條例方式，採報備或許可制，現幾已廢止。
六、政治獻金法：排除宗教團體，外國亦禁止政治人物捐獻教會。禁止選舉時在教會演說，或宗教師推薦候選人。
七、強制執行法：禁止查封禮拜之物；日本連宗教建築物及宗教用地也禁止查封；刑法：妨害祀典罪。民、刑訴訟法規定宗教師可以拒絕證言。
八、外國還有許多可用宗教理由禁止輸血、服戰鬥兵役、不受義務教育，宰殺動物不必麻醉、割禮不構成傷害罪。
九、要成為宗教法人前，須已是宗教團體（已有從事宗教活動的歷史，日本要提出三年以上活動證明），並非如公司或其他法人具備法律要件即可成立。
十、外國立法例，個人資料保護法與政府資料公開法的相關規定中，宗教團體享有例外。
我們已落後日本六十多年，還要落後多久？
