近一年來，大陸連續推出三個有關嚴格查稅的法案，使得台商面臨嚴峻繳稅補稅及可能被懲罰的問題。當然，台商本來就應該誠實納稅，但是因為兩岸特殊的關係，台商在面臨租稅及相關訊息交換時，可能會遇到更多的困擾。我們覺得現在台商可能面臨的問題，政府部門應該設法透過兩岸協商，來協助解決或減輕台商可能面對的困擾。首先，大陸在去年6月推出「關於完善關聯申報和同期資料管理有關事項的公告」，簡稱「42號文件」，主要是在減少台商透過移轉定價的方式，達到規避稅賦的目的。新的移轉定價要求會計資訊更為透明，而且企業的利潤必須更具一致性。比方說，大陸台商子公司的利潤很少，但是台灣母公司的利潤卻很高，然而這家公司大部分的生產都在大陸，這就出現利潤不一致的情況，顯然這其中就可能有移轉定價的問題。
其次，大陸在今年1月推出「非居民金融帳戶涉稅信息調查報告」，要求大陸與香港的存款在600萬人民幣以上的帳戶，都必須主動交代資金來源，這也可以說是大陸版的「肥咖條款」。這使得台商很難再把金錢藏匿在不同的帳戶當中。
第三，大陸在今年5月推出「特別納稅調查調整及相互協商程式管理辦法」（即CRS），簡稱「六號公告」，又稱為「反避稅條款」，因為它要求跨國之間的母子公司的相關資料都必須透明申報。然後，母子公司兩國之間的資料，可以透過政府交換，於是母子公司的訊息就會完全公開，整體企業的利潤與相關資料就會更為透明，使得企業想要避稅就更為困難。
其實早年台商剛剛赴大陸投資時，經常享有所謂的「兩免三減半」等各式的租稅優惠，現在隨著中國大陸租稅制度逐漸完善，台商當然必須認知未來必須更為誠實的納稅。
但是，現在台商面對的問題可能不只是單單租稅的問題，還有許多會計資訊認定的問題。比方說，以前有很多台商透過第三地設立紙上公司，再轉往大陸進行投資，這其中有很多是經過如巴哈馬等租稅天堂再轉往大陸去投資的。現在大陸想要去查核移轉定價，但是租稅天堂的公司並沒有實際營運，所以無法拿出合理的移轉價格，因此移轉價格可能就會由大陸單方面認定。
如果大陸把台商子公司的成本認定太低，而造成大陸子公司的利潤被高估，台商被要求補繳的稅就會高很多，而造成台商無法承擔。
另外，六號公告的反避稅條款可以讓台商母子公司的訊息充分揭露，從而讓雙方的政府都可以更透明的查核台商的租稅。因此，台商如果有在大陸或者第三國家生產，那麼這些國家之間的會計資料都可以互相流通。但是，因為台灣很少跟其他國家簽署CRS，因此反而是我們的政府拿不到台商在海外生產的相關資訊。
其實，兩岸在2015年12月已經簽署了租稅協議，但是仍在立法院等待審議，尚未生效，其中就處理了移轉定價及避免雙重課稅的相關問題。如果此一協議生效，可以鼓勵台商把海外紙上公司遷回台灣，然後利用台灣的工廠提供實質的生產資料，來與陸方協議合理的移轉定價，就可以解決台商大陸利潤可能被高估的問題。
另外，兩岸租稅協議當中也有關於「受控外國公司」（CFC）及「實際管理處所」（PEM）的相關規定。我們可以透過兩岸協商，要求台商主要的繳稅地點放在台灣。因為大陸的企業所得稅稅率是25%，而台灣只有17%，如果雙方有合理的移轉定價協議的話，理論上來說台商是有意願把海外紙上公司及利潤都移回台灣納稅的。
總而言之，台商現在面臨大陸嚴格查稅的困擾，一方面要誠實面對，其中也有很多是因為歷史及兩岸特殊關係所造成。政府有責任與對岸協商，來協助台商解決或減輕這些問題，而且最終的結果可能對台灣反而是有好處的，所以政府應該更積極的面對此一問題。
